2018年5月9日，马哈迪医生领导的希望联盟在马来西亚第14届大选中胜出，马来西亚政坛变天，而新马关系再起波澜。希盟政府表示，它背负了前任政府遗留下来的1万多亿令吉（约3300亿元）的国债以及政府担保。因此，它开始检讨前任政府所签订的大型基础建设项目，包括与中国签订的东海岸铁路计划以及与新加坡签订的新隆高铁协议。此外，曾经在1981年至2003年担任了22年马来西亚首相的马哈迪，也对新马实施已久的合作项目以及协议，提出异议。其中，马哈迪最热衷于重新谈判1962年新马政府所签订的水供协议，并从这个课题引发了领空以及领海的争执。
首先，马国政府反对新加坡民航局在实里达机场启用仪表降陆系统，而这个系统其实是新加坡应马来西亚航空公司飞萤的要求而推出的。马国民航局禁止飞萤使用实里达机场，导致飞萤停飞。马国也把柔佛巴西古当上空列为永久飞行管制区，以当“军事用途”。从马国的声明显示，仪表降陆系统争论的真正原因是马方为了“维护主权”，计划分阶段收回西马南部的航空交通管理权。这个由新加坡管控的航空飞行区，是两国在1974年按照国际民用航空组织的建议而签订的协议，并已运作多年。
其次，马国政府去年10月25日单方面扩大新山港口海域，并派遣船只侵入新加坡水域。我国政府几次抗议不果后，于去年12月6日宣布扩大大士港界，范围与马方扩大后的港界重叠。与此同时，马国官方船只不顾新加坡多次的警告，继续停留在新加坡水域，导致新马双边关系陷入低潮。
尽管如此，两国的外交渠道还是敞开无阻。新加坡在多个争论的领域采取开放及合作的立场，以促使马国回到谈判桌上。虽然两国签订了新隆高铁协议，而且前期工作也已展开，但是新加坡理解马国目前的经济状况，同意将这个项目展延，以表示善意。另一方面，马国经济发展的需求以及政治纷争，也为新马紧张关系降温起了一定的作用。希盟政府要实现竞选诺言，就必须拼经济，并赢取投资者的信心。马国的政治纷争，经常通过新马水供问题转移视线。但自希盟政府上台以来，政党纷争以及马哈迪与王室的紧张关系超越了水供协议问题。虽然马哈迪呼吁柔佛州政府以及人民群起反对“不道德”的水供协议，但是没有获得太大的响应。
新马关系经过几个月的纷纷扰扰之后，最近出现缓和的迹象。昨天，李显龙总理到吉隆坡参加了马哈迪主持的第九届新加坡—马来西亚领导人非正式会议，并确定了两国官员较早前对双边问题所达致的协议。在领空问题上，新加坡同意撤销实里达机场的仪表降陆系统，而马国则无限期暂停把巴西古当上空列为永久禁飞区。在领海问题上，两国的港界恢复到争议前的状态，而马国政府船只也撤离新加坡水域。在水供问题方面，总理指出水供协定对我国而言是“神圣不可侵犯”的文件，但他还是同意让双方的总检察长讨论分歧点，并寻求融洽的解决方案。
除此之外，新加坡应马来西亚的要求，展延新柔地铁计划六个月。两国也同意，通过科技以及扩大关卡的处理能力，缓解拥挤的问题。
上述的协议将新马关系拉回正轨，缓解了几个月来的紧张气氛。然而，两国官员还有许多后续的谈判，包括航空交通管理权、港界的划定、新隆高铁以及新柔地铁补充协议以及水供协定的理解与认知。从积极面而言，这几个月来的纷争与谈判，也让双方更了解对方的立场与关切的课题。新加坡表达了它对航空管理安全的忧虑以及捍卫海域主权的决心。此外，在水供问题上，新加坡对柔佛河的污染以及柔佛河可持续性的供水量，表达它的忧虑。另一方面，正如基础建设统筹部长兼交通部长许文远所说的，新加坡保持开放的胸襟，了解马国的志向和对主权的关注，并希望马国也同意考虑新加坡的利益与需求。
新马两国一水之隔，两国关系唇齿相依。双方若能发挥与邻共荣的精神，在互惠互利以及相互尊重的基础上，拓展合作空间，没有问题是不能解决的。
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